Nhảy đến nội dung
x

Nhóm nghiên cứu

Phòng thí nghiệm Vật lý sinh học Lý thuyết và Tính toán

Lĩnh vực nghiên cứu:

Hiểu cơ chế vật lý về các hành vi của hệ sinh học ở cấp độ nguyên tử đang rất được quan tâm. Lab TCB được thành lập nhằm áp dụng các phương pháp tính toán và lý thuyết để mô phỏng hoạt động của các phân tử nhằm điều tra các vấn đề liên quan đến vật lý/hóa học/sinh học, khám phá thuốc và khoa học vật liệu, v.v...

Apps & Tools

AutoDock Vina cho tỉ lệ dock thành công rất cao nhưng hệ số tương quan khá thấp. Sự tương quan thấp này có thể là một trở ngại cho việc xếp hạng ái lực liên kết phối tử, đây là mục tiêu chính của mô phỏng gắn kết. Độ chính xác của Vina có thể phụ thuộc vào các thông số thực nghiệm, bao gồm steric interaction, repulsion, hydrophobic, hydrogen bond, và rotation metrics. Một bộ thông số thực nghiệm mới đã được đề xuất để cải thiện độ chính xác của việc lắp ghép. Do đó, AutoDock Vina sửa đổi đã được giới thiệu và độ chính xác của các mô phỏng docking đã được tăng lên đáng kể. Phiên bản Vina với bộ thông số mới có thể tải về tại đây.

Danh sách các thành viên:

STT Họ và tên Vị trí Liên hệ
1 TS. Ngô Sơn Tùng Trưởng nhóm ngosontung@tdtu.edu.vn
2 TS. Nguyễn Trung Hải Nghiên cứu viên nguyentrunghai@tdtu.edu.vn
3 TS. Nguyễn Minh Tâm Nghiên cứu viên nguyenminhtam@tdtu.edu.vn
4 Lê Thanh Hòa Trợ lý NCV lethanhhoa1@tdtu.edu.vn
5  Phạm Thị Ngọc Hân Cộng tác viên  
6 Thái Quỳnh Mai Cộng tác viên  
7 ThS. Phạm Nhất Trường  Cộng tác viên  

Công bố tiêu biểu:

9 CR2021 Phuong Nguyen, Ayyalusamy Ramamoorthy, Bikash Sahoo, Jie Zheng, Peter Faller, John Straub, Laura Domínguez, Joan-Emma Shea, Nikolay Dokholyan, Alfonso De Simone, Buyong Ma, Ruth Nussinov, Saeed Najafi, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Mara Chiricotto, Pritam Ganguly, James McCarty, Mai Suan Li, Carol Hall, Yiming Wang, Yifat Miller, Simone Melchionna, Birgit Habenstein, Stepan Timr, Jiaxing Chen, Brianna Hnath, Birgit Strodel, Rakez Kayed, Sylvain Lesne, Guanghong Wei, Fabio Sterpone, Andrew Doig, Philippe Derreumaux, Amyloid Oligomers: A Joint Experimental/Computational Perspective on Alzheimer’s Disease, Parkinson’s Disease, Type II Diabetes and Amyotrophic Lateral Sclerosis. Chem. Rev. 2021, 121, 2545–2647.
8 rscadv21marine Nguyen Minh Tam, Minh Quan Pham, Huy Truong Nguyen, Nam Dao Hong, Nguyen Khoa Hien, Duong Tuan Quang, Huong Thi Thu Phung, and Son Tung Ngo, Potential inhibitors for SARS-CoV-2 Mpro from Marine compounds, RSC Adv. 2021,11, 22206-22213. [2021 RSC Advances HOT Article Collection]
7 rscadv21 Nguyen Minh Tam, Minh Quan Pham, Nguyen Xuan Ha, Pham Cam Nam  and  Huong Thi Thu Phung; Computational estimation of potential inhibitors from known drugs against the main protease of SARS-CoV-2; RSC Adv., 2021,11, 17478-17486. [selected for 2021 RSC Advances HOT Article Collection]
6 jpca2020 Nguyen Thi Mai, Son Tung Ngo, Peter Lievens, Ewald Janssens, Nguyen Thanh Tung, Photofragmentation Patterns of Cobalt Oxide Cations ConOm+ (n = 5-9, m = 4-13): from Oxygen-Deficient to Oxygen-Rich Species, J. Phys. Chem. A 2020, 124, 7333–7339. [selected for font cover]
5 JCC2020 Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen, Nguyen Thanh Tung, Pham Cam Nam, Khanh B. Vu, Van V. Vu. Oversampling Free Energy Perturbation Simulation in Determination of the Ligand-Binding Free Energy, J. Comput. Chem. 2020, 41, 611-618. [selected for font cover]
4 pccp2019 Nguyen Minh Tam, Long Van Duong, Hung Tan Pham, Minh Tho Nguyen and  My Phuong Pham-Ho; Effects of single and double nickel doping on boron clusters: stabilization of tubular structures in BnNim, n = 2–22, m = 1, 2; Phys. Chem. Chem. Phys. 2019,21, 8365-8375.
3 JPCB2019 Son Tung Ngo, Philippe Derreumaux, Van V. Vu; Probable Transmembrane Amyloid α-Helix Bundles Capable of Conducting Ca2+ Ions, J. Phys. Chem. B 2019, 123, 2645-2653.
2 jpcc2018 Nguyen Minh Tam, Nguyen Thi Mai, Hung Tan Pham, Ngo Tuan Cuong, and Nguyen Thanh Tung; Ultimate Manipulation of Magnetic Moments in the Golden Tetrahedron Au20 with a Substitutional 3d Impurity; J. Phys. Chem. C 2018, 122, 28, 16256-16264
1 CCR2018 Van V. Vu and Son Tung Ngo, Copper active site in polysaccharide monooxygenases. Coord. Chem. Rev. 2018, 368, 134-157. [Invited Review].

 

Phòng thí nghiệm hóa học các vật liệu tiên tiến

Lĩnh vực nghiên cứu:

  • CVD Graphene and 2D Materials; 
  • Clean Transfer of Large area graphene onto the dielectric materials.
  • Energy Materials: Electrocatalysis; Solar cells
  • Triboelectric Nanogenerators
  • Desalination of water.
  • Fabrication of Graphene based Nanobiosensors.
  • Wearable Devices (Biosensors)
  • Biofunctionalization/bio-conjugation (with anticancer drugs) & toxicology studies of nanomaterials

Danh sách các thành viên:

STT Họ và tên Vị trí Liên hệ
1 TS. Nguyễn Lê Minh Trí Nghiên cứu viên nguyenleminhtri@tdtu.edu.vn
2 PGS.TS Phan Thế Long Nghiên cứu viên phanthelong@tdtu.edu.vn

Công bố:

Nhóm nghiên cứu vật lý nguyên tử phân tử và quang học

Lĩnh vực nghiên cứu:

  • Non-perturbation methods, algebraic methods for solving the Schrodinger equation of atom/molecule in electromagnetic fields;
  • Quadratic and bilinear transformations (Kustannheimo-Stiefel, Levi-Civita, Hurwitz) and the connections between harmonic oscillators and the MICZ-Kepler problems;
  • Magnetic monopole and its generalization for high-dimensional spaces;
  • High-order harmonic generation and ab initio methods for its calculation; possibility of extracting dynamic molecular structures from high-order harmonic spectra; chemical imaging and tracking molecular dynamics by ultra-short laser pulses.

Danh sách các thành viên:

STT Họ và tên Vị trí Liên hệ
1 TS. Lê Thị Cẩm Tú Nghiên cứu viên lethicamtu@tdtu.edu.vn
2 TS. Hoàng Văn Hưng Nghiên cứu viên hoangvanhung@tdtu.edu.vn
3 TS. Bùi Minh Lộc Nghiên cứu viên buiminhloc@tdtu.edu.vn
4 Lê Đại Nam  Nghiên cứu viên ledainam@tdtu.edu.vn

Công bố:

Nhóm nghiên cứu tính toán vật liệu và cấu trúc tiên tiến

Trưởng nhóm: 

Lĩnh vực nghiên cứu:

Nano, Micro and Macro Modelling of Materials: Computational analysis for Materials and Structures: Advanced Experiments on Materials and Composites.

Danh sách các thành viên:

STT Họ và tên Vị trí Liên hệ
1      
2 ThS. Lê Trí Đạt Nghiên cứu viên letridat@tdtu.edu.vn 
3      

Công bố: